Αρκετές φορές δημιουργούνται στο στόμα αποστήματα και κύστες.
Τα αποστήματα μπορεί να είναι οξέα ή χρόνια. Οξέα είναι τα ταχέως εξελισσόμενα και με έντονη συμπτωματολογία αποστήματα. Χρόνια είναι τα αποστήματα που δεν παρουσιάζουν ανησυχητική συμπτωματολογία και αναπτύσσονται με βραδείς ρυθμούς. Συνήθως είναι οδοντικής αιτιολογίας, δηλαδή προέρχονται από μολυσμένα δόντια.
Οι κύστεις στο στόμα συνήθως αναπτύσσονται εντός του οστού των γνάθων και αποτελούνται κυρίως από μαλακούς ιστούς. Οι ιστοί αυτοί επεκτείνονται και καταλαμβάνουν χώρο εις βάρος του οστού. Συχνά λαμβάνουν μεγάλες διαστάσεις χωρίς να γίνουν αντιληπτές από τον ασθενή. Μπορεί να ανιχνευθούν ως τυχαίο εύρημα σε ακτινογραφικό έλεγχο. Κάποιες από αυτές λόγω μικροβιακής μόλυνσης παρουσιάζουν εικόνα αποστήματος. Οι περισσότερες από αυτές είναι οδοντογενούς αιτιολογίας, δηλαδή οφείλονται σε κάποιο δόντι.
Καθοριστικό ρόλο στην επιλογή θεραπείας για κάποιο απόστημα είναι η κατάσταση του δοντιού που τα προκάλεσε. Εάν το δόντι δεν θεραπεύεται, είναι επιβεβλημένη η εξαγωγή του και ο επιμελής χειρουργικός καθαρισμός του αποστήματος.
Εάν το δόντι θεραπεύεται τότε εκτελείται η ενδεδειγμένη θεραπεία. Η θεραπεία μπορεί να είναι ενδοδοντική (απονεύρωση), είτε περιοδοντική είτε συνδυασμός τους.
Σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να χρειάζεται επιπλέον χειρουργική αντιμετώπιση.